Năm 1948, do tình hình kháng chiến đòi hỏi, theo yêu cầu của bộ trưởng bộ Nội vụ lúc bấy giờ là ông Phan Kế Toại, chủ tịch chính phủ Liên hiệp Lâm thời Việt Nam Dân chủ Cộng hòa Hồ Chí Minh ra sắc lệnh 162/SL ngày 14 tháng 4 năm 1948 tạm thời giải tán thị xã Bắc Ninh (trong giai đoạn kháng chiến), sáp nhập một phần vào huyện Yên Phong thành khu phố Kinh Bắc và sáp nhập phần còn lại vào huyện Võ Giàng thành khu phố Vũ Ninh.[1]

Năm 1962, hai tỉnh Bắc Giang và Bắc Ninh hợp nhất thành tỉnh Hà Bắc, thị xã Bắc Ninh thuộc tỉnh Hà Bắc.

Sau năm 1975, thị xã Bắc Ninh có 5 phường: Đáp Cầu, Ninh Xá, Thị Cầu, Tiền An, Vệ An và 2 xã: Kinh Bắc, Vũ Ninh.

Ngày 3 tháng 5 năm 1985, xã Đại Phúc của huyện Quế Võ và xã Võ Cường của huyện Tiên Sơn (nay là huyện Tiên Du và thị xã Từ Sơn) được sáp nhập vào thị xã Bắc Ninh.[2]

Ngày 6 tháng 11 năm 1996, Quốc hội khóa IX kỳ họp thứ 10 phê chuẩn về việc tách và thành lập một số tỉnh. Theo đó, tỉnh Bắc Ninh được tái lập, thị xã Bắc Ninh là tỉnh lỵ tỉnh Bắc Ninh.[3]

Ngày 8 tháng 4 năm 2002, thành lập phường Suối Hoa trên cơ sở 48,87 ha diện tích đất tự nhiên và 1.405 người của xã Vũ Ninh; 16,98 ha diện tích đất tự nhiên và 2.649 người của xã Đại Phúc, 52,65 ha diện tích đất tự nhiên của xã Kinh Bắc.[4]

Ngày 25 tháng 8 năm 2003, thành lập 3 phường Vũ Ninh, Kinh Bắc và Đại Phúc trên cơ sở toàn bộ diện tích và dân số của 3 xã tương ứng.[5]

Ngày 11 tháng 5 năm 2005, thị xã Bắc Ninh được công nhận là đô thị loại III.[6]

Ngày 26 tháng 1 năm 2006, Chính phủ ban hành nghị định thành lập thành phố thuộc tỉnh trên cơ sở toàn bộ diện tích và dân số của thị xã Bắc Ninh, với 9 phường: Đáp Cầu, Thị Cầu, Vũ Ninh, Suối Hoa, Tiền An, Ninh Xá, Vệ An, Kinh Bắc, Đại Phúc và 1 xã: Võ Cường, tổng diện tích 23,34 km², dân số là 121.028 người.[7]

Ngày 9 tháng 4 năm 2007, Chính phủ ban hành Nghị định số 60/2007/NĐ-CP điều chỉnh địa giới thành phố Bắc Ninh. Theo đó, sáp nhập 9 xã: Kim Chân, Vân Dương, Nam Sơn (thuộc huyện Quế Võ), Hạp Lĩnh, Khắc Niệm (thuộc huyện Tiên Du), Phong Khê, Khúc Xuyên, Vạn An, Hòa Long (thuộc huyện Yên Phong) vào thành phố Bắc Ninh và thành lập phường Võ Cường thuộc thành phố Bắc Ninh. Thành phố có 10 phường và 9 xã, với tổng diện tích 80,28 km², dân số là 150.331 người.[8]

Ngày 5 tháng 2 năm 2010, Chính phủ ban hành Nghị quyết số 06/NQ-CP thành lập các phường Vân Dương, Vạn An, Hạp Lĩnh từ các xã có tên tương ứng, thành phố Bắc Ninh có 13 phường và 6 xã.[9]

Ngày 29 tháng 12 năm 2013, Chính phủ ban hành Nghị quyết số 137/NQ-CP thành lập các phường Khắc Niệm, Khúc Xuyên và Phong Khê từ các xã có tên tương ứng, thành phố Bắc Ninh thành 16 phường và 3 xã.[10]

Ngày 25 tháng 6 năm 2014, Thủ tướng Chính phủ ban hành Quyết định số 1044/QĐ-TTg công nhận thành phố Bắc Ninh là đô thị loại II.[11]

Ngày 26 tháng 12 năm 2017, Thủ tướng Chính phủ ban hành Quyết định số 2088/QĐ-TTg công nhận thành phố Bắc Ninh là đô thị loại I thuộc tỉnh Bắc Ninh.[12]

Ngày 16 tháng 10 năm 2019, Ủy ban thường vụ Quốc hội thông qua Nghị quyết số 787/NQ-UBTVQH14 chuyển 3 xã: Hòa Long, Kim Chân, Nam Sơn thành 3 phường có tên tương ứng.[13]

Thành phố Bắc Ninh có 19 phường trực thuộc như hiện nay.